Après des retrouvailles mouvementées avec son père et une découverte surprenante concernant la mort de sa mère, Edward Elric rentre à Central City. Il y retrouve Alphonse, dont l’armure a été endommagée, et Winry, qui s’inquiète des dangers encourus par ses deux amis d’enfance. Pendant ce temps, Scar est lui aussi de retour à Central City et recommence ses actes meurtriers prenant pour cible les alchimistes d’État. Les frères Elric, aidés de Lin, un prince en quête de reconnaissance venant d’une contrée lointaine, vont élaborer un plan dont le but est de mettre à jour la véritable identité des homonculi.